В Синих Липягах о первой церкви упоминается в 1705 году. В 1737 г. она была перестроена и освящена, а в 1777 г. храм был расширен. В 1792 г. для этого храма был освящен антиминс правящим архиереем Иннокентием, епископом Воронежским. Но поскольку храм был деревянный и маловместительный, в 1805 г. начата постройка нового каменного храма в два этажа. В 1815 г. церковь освятили в нижнем этаже во имя свв. ап. Петра и Павла, а в 1819 г. — верхний этаж во имя св. вмч. Димитрия Солунского.

В 1939 г. церковь взорвали.

В 1997 г. в Синих Липягах был открыт молитвенный дом. 13 июля 2003 г. митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий на месте старого храма совершил молебен и освятил закладной камень будущего храма в честь свв. ап. Петра и Павла. Строительство храма происходило в период с 2007 г. по 2010 г.

В августе 2010 г. храм был освящен в честь первоверховных апостолов Петра и Павла